Logiciels

Dans le cadre de l'IP214, les membres du PRN LIVES développent des outils informatiques sous forme de librairies pour l’environnement R de calcul et graphiques statistiques.

  • TraMineR: Fouille de trajectoires (maintenu par Gilbert Ritschard)
    Une boite à outils pour l’exploration et la visualisation de séquences (plus d'info).
  • TraMineRextras: Extension de TraMineR (maintenu par Gilbert Ritschard)
    Collection of fonctions supplémentaires à utiliser en conjonction avec la librairie 'TraMineR' pour l’exploration de données sous forme de séquences.
  • WeightedCluster: Analyse en cluster de données pondérées (maintenu par Matthias Studer)
    Partitionnement de séquences d’états et de données pondérées. La librairie offre un algorithme PAM (partionnement autours de médoïdes) pondéré optimisé ainsi que des fonctions d’agrégation d’observations répétées, des mesures de qualité de partitionnement y compris une fonction pour calculer ces mesures pour un ensemble de solutions de clustering, et des outils originaux de représentations graphiques de clusters de séquences d’états.
  • march: Chaines de Markov (maintenu par André Berchtold)
    Estimation de divers modèles markoviens pour données catégorielles, y compris les chaines de Markov homogènes d’ordre quelconque, les modèles MTD, les modèles de Markov cachés (HMM) et les modèles de Markov à doubles chaines (DCMM).
  • PST: Arbres probabilistes à suffixes et chaines de Markov d’ordre variable (maintenu par Alexis Gabadinho)
    La librairie offre des outils pour analyser des séquences d’états avec des arbres probabilistes à suffixes (PST) une représentation opérationnelle de chaines de Markov de longueur variable (VLMC). La librairie PST propose des fonctions d’apprentissage et d’optimisation de modèles VLMC. Elle inclut également toute une série d’outils pour analyser des séquences avec ces modèles : outils de visualisation, fonctions de prédiction de séquences et de génération de séquences artificielles, ainsi que de fouille de contextes et de séquences types. La librairie est spécialement adaptée aux sciences sociales avec des procédures d’apprentissage de modèles VLMC à partir d’ensembles de séquences individuelles pondérées et incluant possiblement des données manquantes. La librairie permet de plus de calculer la divergence probabiliste entre deux modèles ainsi que d’ajuster des VLMC segmentés où les sous-modèles ajustés sur les différentes strates sont tous inclus dans un même PST.
  • vcrpart: Régression arborescente à coefficients variables pour modèles linéaires généralisés et modèles mixtes ordinaux (maintenu par Reto Bürgin)
    Estimation par partitionnement récursif de modèles linéaires généralisés et de modèles mixtes ordinaux à coefficients variables. La librairie vcrpart permet en particulier un partitionnement récursif propre à chaque coefficient, la prise en compte de coefficients non-variables et le partitionnement de coefficients de variables variant dans le temps en régression longitudinale.
  • Spacom (Spatially Weighted Context Data for Multilevel Modelling ) (maintenu par Till Junge)
    Spacom fournit des outils pour constuire et exploiter des données contextuelles spatiales pondérées.